https://bezpecnostpotravin.cz/novy-nastroj-zpresnuje-predpoved-rizik-pri-upravach-dna-pomoci-crispr/

Vydáno: 24. 9. 2025
Autor: BIOTRIN
https://bezpecnostpotravin.cz/files/2025/09/CRISPR_orez-300x152.jpg 300w, https://bezpecnostpotravin.cz/files/2025/09/CRISPR_orez-768x389.jpg 768w" alt="" width="909" height="461" class="wp-image-86930" style="box-sizing: border-box; height: auto; max-width: 100%; border: 0px; display: inline-block; vertical-align: bottom; contain-intrinsic-size: 3000px 1500px;" loading="lazy" decoding="async" />
Foto: Shutterstock

Technologie CRISPR-Cas9 umožňuje vědcům cíleně upravovat geny a přináší obrovský potenciál pro medicínu i zemědělství, s čímž však jde ruku v ruce i snaha o co nejvyšší přesnost. Rizika plynou zejména z takzvaných „off-target“ efektů, tedy nechtěných zásahů do jiných míst v DNA, které mohou způsobit nežádoucí mutace a jejichž předvídání je složité, protože závisí nejen na navržené vodicí RNA, ale také na jedinečném genetickém profilu konkrétního jedince.

Většina současných nástrojů vychází z jednoho „referenčního“ genomu, a tak přehlíží drobné rozdíly mezi jednotlivci, jako jsou bodové mutace či malé vložky a delece. Tým vedený profesorem Jeongbinem Parkem z Pusanské národní univerzity v Jižní Koreji proto vyvinul nový systém Variant-aware Cas-OFFinder, který s těmito variacemi počítá.

Tento webový, volně dostupný a uživatelsky přívětivý nástroj dokáže analyzovat genomy na úrovni jednotlivých alel a tím zpřesňuje odhady možných nechtěných zásahů. Výzkumníci ho otestovali jak na lidském genomu, tak na odrůdách papriky. V lidských datech systém odhalil riziková místa, která v běžném referenčním genomu chyběla, a u papriky dokázal určit specifické rozdíly využitelné například při šlechtění.

Variant-aware Cas-OFFinder zahrnuje stovky organismů, desítky různých CRISPR systémů a nabízí možnost podrobné, tzv. haplotypové analýzy. I když je o něco pomalejší než starší programy, přináší přesnější výsledky. Zdrojový kód i příklady použití jsou volně k dispozici na GitHubu a Zenodu.

Podle profesora Parka je cílem, aby „nástroje pro úpravu genomu byly stejně individuální jako genomy, na které cílí“. Tento přístup představuje krok k bezpečnějším a účinnějším genovým terapiím i k novým možnostem v zemědělství.

Autor: Jan Šnábl

Zdroje: 

Zdroj: BIOTRIN